Dilahirkan dengan nama Gloria Macaraeg Macapagal kepada Diosdado Macapagal, seorang ahli politik, dan Evangelina Macaraeg Macapagal, Arroyo menghabiskan tahun-tahun awalnya di Lubao, Pampanga, bersama-sama dengan dua orang saudara kandung yang lebih tua daripada perkahwinan ayahnya yang pertama. [1] Ketika berumur empat tahun, beliau berasa cemburu terhadap adik lelakinya yang baru dilahirkan dan memilih untuk tinggal dengan nenek sebelah ibunya di Bandaraya Iligan. [2] Beliau tinggal di sana selama tiga tahun, dan kemudian membahagikan masanya antara Mindanao dan Manila sehingga umur 11 tahun. [2]

Pada tahun 1961, ketika Arroyo hanya berumur 14 tahun, ayahnya dipilih sebagai Presiden Filipina, dan Arroyo berpindah dengan keluarganya ke Istana Malacanang di Manila. Beliau memperoleh pendidikan rendah dan menengahnya di Assumption Convent, dan mencapai keputusan yang terbaik pada tahun 1964. Arroyo kemudian belajar di Pusat Pengajian Perkhidmatan Luar Negeri di Universiti Georgetown, Washington, D.C., selama dua tahun dan merupakan ahli Senarai Dekan yang tekal; Senarai Dekan ialah senarai tahunan untuk pelajar yang terbaik. Bekas Presiden Bill Clinton ialah salah seorang rakan sedarjahnya. [3] Arroyo kemudian memperoleh ijazah Sarjana Muda Sastera dalam Ekonomi daripada Kolej Assumption, dan mencapai magna cum laude yang merupakan anugerah untuk pelajar yang amat baik pada 1968.

Pada tahun 1968, Arroyo berkahwin dengan Jose Miguel Arroyo, seorang peguam dan usahawan dari Binalbagan, Negros Occidental yang beliau telah bertemu ketika masih remaja lagi. [1] Mereka dikurniakan dengan tiga orang anak, Juan Miguel (lahir 1969), Evangelina Lourdes (1971), dan Diosdado Ignacio Jose Maria (1974).

Arroyo kemudian menyertai kursus ijazah Sarjana dalam Ekonomi di Universiti Ateneo de Manila (1978) dan ijazah Kedoktoran dalam Ekonomi di Universiti Filipina (1985).[4] Antara tahun 1977 dan 1987, beliau memegang jawatan pensyarah di pelbagai institusi pendidikan, khususnya Universiti Filipina dan Universiti Ateneo De Manila. Beliau juga menjadi Pengerusi Pusat Pengajian Ekmonomi di Kolej Assumption.

Pada tahun 1987, Arroyo dijemput oleh Presiden Corazon Aquino untuk menyertai pentadbirannya sebagai Penolong Setiausaha dalam Kementerian Perdagangan dan Industri. Dua tahun kemudian, beliau dinaik pangkat menjadi Setiausaha Rendah. Dalam jawatan serentaknya sebagai Pengarah Eksekutif bagi Lembaga Eksport Pakaian dan Tekstil, Arroyo menyelia pertumbuhan industri pakaian yang pesat pada dekad 1980-an.